當文件系統被破壞時，如果使用的是ext2fs類型的文件系統，就可從軟盤運行e2fsck命令來修正文件系統中被損壞的數據。對於其他類型的文件系統，可以使用相應的fsck命令。當從軟盤上檢查文件系統時，最好不要mount安裝。
注：文件系統被破壞的常見原因是超級塊被損壞，超級塊是文件系統的“頭部”。它包含文件系統的狀態、大小和空閒磁盤塊等信息。如果損壞了一個文件系統的超級塊(例如不小心直接將數據寫到了文件系統的超級塊分區中)，那麼系統可能會完全不識別該文件系統，這樣也就不能安裝它了，即使采用e2fsck命令也不能處理這個問題。
不過，ext2fs類型的文件系統將超級塊的內容進行了備份，並存放於驅動程序的塊組(block group)邊界。可以用命令通知e2fsck使用超級塊的備份,e2fsck -b 8193是指文件系統所在的分區，-b 8193選項用於顯示存放在文件系統中的8193塊的超級塊備份數據。
恢復丟失的文件
如果不小心刪除了重要的系統文件，雖然沒有辦法直接恢復，但是還可以將相應的文件利用急救盤復制到硬盤上。例如，如果刪除了文件/bin/login，此時系統無法正常運行到登錄界面，可以用急救盤啟動系統，將硬盤文件系統安裝到/mnt目錄下，然後使用如下命令：
#cp -a /bin/login /mnt/bin
其中 “-a”選項用於告訴cp在拷貝時保持文件的訪問權限。 當然如果被刪除的基本文件不在“急救盤組”中，也就不能用這種方法了。如果以前做過系統備份的話，那麼也可以用以前的備份來恢復。