很多用戶在安裝NT或Win2000與Linux共存同一塊硬盤時時都遇到問題，導致NT或2000不能啟動，這是因為NT或2000的NT loader是安裝在硬盤MBR上， 而linux的lilo默認也安裝在mbr之上，兩者出現沖突因此導致NT或2000不能啟動的問題。
其實解決這個問題有一個非常簡單的方法： 首先正常安裝2000或NT(如果還需要安裝98則首先安裝98然後安裝NT或2000)，然後安裝linux， 但是安裝Linux時到選擇lilo安裝位置一步時不要選擇將linux的lilo安裝在MBR， 而選擇將Linux的lilo安裝在其主分區的boot塊上。
安裝完畢以後再次使用linux光盤引導系統進入安裝中分區劃分這一步， 但是這裡並不對分區劃分作修改，而是將硬盤中的active分區從以前NT或2000下的C盤修改為linux主分區，保存fdisk進行的修改以後，重新引導系統，這次使用硬盤引導系統， 將會首先進入linux的lilo選擇是進入linux系統還是Win，如果選擇win則進入NT或2000的的NT Loader，這樣就可以選擇進入win系統。
