從開始時作為一個大學生的私房愛好，Linux系統的發展已經歷了較長時間。近幾年中，經過IBM、惠普、Novell和Red Hat的專業計算機編程者對其不斷改進，Linux現在已成為了技術強大的代名詞-Linux操作系統在全球超級計算機上的應用遠較其他系統普遍。有機構稱，在全球頂尖的500台超級計算機中，估計有約60%安裝了Linux操作系統，取代了此前這些機器上安裝的曾廣泛用於高性能計算的Unix操作系統。
Linux目前已成為高性能計算的首選操作系統。據德國曼海姆大學計算機教授漢斯-魏納-穆爾(Hans Werner Meuer)統計，在全球頂尖的500台超級計算機中，有301台上使用了Linux操作系統，相比之下，只有189台使用了Unix操作系統，2台使用了Unix的改進型FreeBSD操作系統，1台使用了微軟的操作系統，另有7台上使用的操作系統不詳。
美國勞倫斯利弗莫爾國家實驗室先進技術部門助理副主管馬克-西格(Mark Seager)表示，“Linux系統已經主宰了高性能計算的市場。”該實驗室有5台超級計算機位列全球頂尖500台超級計算機之中，其中包括世界上性能最強大的超級計算機“藍色基因/L”和排名第5的“雷鳴”。這兩台計算機與該實驗室的其他超級計算機一樣，都安裝了Linux操作系統。此前這些機器上安裝的是IBM版本的Unix操作系統--AIX操作系統。
西格認為，該實驗室選擇Linux系統的部分原因是它是“開放源代碼”的，這意味著使用者可以配合自身的需求，對代碼進行修改。另外，使用
Linux系統也無需付出授權費用。此外，西格表示，Linux系統超出Unix操作系統(如IBM的AIX操作系統和Sun微系統的Solaris操作系統)的原因是，這些系統包含了很多針對商業應用的特點，但是這些也相應限制了系統的性能。西格舉例解釋說，AIX操作系統所擁有的“虛擬功能”，允許許多軟件共享同一處理器，但是這“正好降低了性能”。
Linux系統的創始人李納斯.托瓦茲(Linus Torvalds)認為，Linux系統受歡迎是因為其可以在使用包括英特爾微處理器和IBM及惠普的RISC處理器在內的20多種硬件架構上運行，而與此同時，Unix操作系統僅能在一至兩種硬件架構上運行。托瓦茲表示，“當然，這20多種架構中僅有少數與高性能計算有關。但這仍是個巨大的優勢。Linux容易獲取，沒有授權費用，具備一切相應的基礎結構，並且在任意硬件上都運行順暢。”