Shell: bash。它結合了 csh 和 ksh 的優點，並且有 readline 功能，你可以隨意綁定自己的鍵盤。
編輯器： VIM, Emacs。
程序開發： GCC, make, ld, Scheme48, j2sdk, Perl, Python, Tcl/Tk ...
論文，幻燈工具：LaTeX, ConTeXt
繪圖工具：MetaPost。這個語言太強了，以至於我只用它了。你不熟悉的話可以用xfig, dia 來畫一些流程圖之類的圖片。
圖像處理：ImageMagick。其中的 import 程序可以屏幕抓圖，convert 程序可以轉換圖像格式，display 可以顯示圖片和簡單編輯(縮放，換質量，轉格式，簡單繪圖，簡單慮鏡)。通常我就這麼點需要。如果你要更強大的圖像工具可以用 Gimp, 它幾乎和Photoshop差不多。
自動管理工具：make。我可以用make來自動編譯程序，自動編譯文檔，自動更新插圖…… 全自動，而且不會重復勞動。
數值計算程序：SciLab。這個程序基本上可以代替 Matlab。
代數計算程序：MAXIMA。這個程序基於世界上最老的計算機代數系統之一: 由美國能源部(DOE)發行的 MIT Macsyma 系統。它是用 Common Lisp 實現的。很多現在的符號計算程序比如 Maple 都從 MAXIMA 身上學到很多東西。它現在經過 DOE 批准以GPL發行，永遠是一個自由軟件。
加密程序：GnuPG。我的 PGP 密鑰就是它搞出來的。
打包，壓縮程序。什麼都有: tar, gzip, bzip2, zip, rar, ...
虛擬光驅程序。Linux 不需要虛擬光驅程序，直接 mount 就行了。
ftp 服務器：proftpd, vsftpd。proftpd 功能很強，但是我只用了最簡單的一種設置。
WWW 服務器：apache。(我一般沒有開)
ftp 客戶程序：lftp，ncftp。它們都是文本方式操作的，但是比起圖形界面的方便的多。比如 lftp 幾乎具有 bash 的所有方便功能，Tab 補全，bookmark, queue, 後台下載，鏡像…… Linux 也有圖形界面的 ftp 客戶程序，但是大多不穩定，有很多問題。這就是很多人抱怨 Linux 不如 Windows 的一個小原因。還有很多人用 Wine 模擬 Windows 的leapftp，其實 lftp 比 leapftp 好很多，你需要的只是適應一下。
自動下載工具：wget。它非常穩定，有一次我下載一個程序，用 IE 和 Mozilla 下載回來的文件都是壞的，最後還是 wget 可靠的傳輸了數據。用它甚至可以鏡像整個網站，比起WebZip 這樣的 Windows 程序強多了，而且不會因為你不付錢就在下載回來的網頁裡強制插入廣告。
虛擬終端：rxvt, xterm, gnome-terminal, mlterm, ...
X server: XFree86
窗口管理器：FVWM。編譯加入了 libstroke。
中文輸入：XSIM。被我修改過以適應 FVWM 的需要。另外推薦你還可以用 SCIM。
email 處理：Mutt + Postfix + fetchmail
看 PDF, PS, DJVU 文件：Acrobat Reader, xpdf, GhostScript, gv, djvu工具包和netscape 插件。
看CAJ文檔。我從來不看CAJ之類的文檔，如果找不到PDF或PS，直接去圖書館借最好。
看網頁：Mozilla, Phoenix, lynx。Mozilla-Xft 的顯示效果比IE 好很多。
英漢字典：IBM智能詞典，星際譯王。
編輯網頁：我用VIM 直接寫 HTML。你如果想要圖形方式的可以用其它的比如screem, BlueFish。
登錄其它 UNIX, Linux 機器：openSSH, telnet。 我喜歡用 openSSH 把其它機器的X 程序通過 ssh 加密的隧道傳到我機器上顯示。
登錄 Windows2000 server 的 display service: rdesktop，...我有一天試了一下，不錯。後來就沒有用過了。
同步程序：rsync。我用 rsync 通過 ssh 來跟某些機器同步數據，或者做自己機器上不同目錄間的同步。
上BBS：rxvt(或任何一種終端) + telnet + chatbot(helloooo 機器人的程序)
QQ, ICQ: 我沒有 QQ 或 ICQ。不過你可以用 Gaim, 它同時支持 QQ, ICQ 和很多其它的即時通信方式。ICQ 用戶也可以用 Licq。
放錄像：MPlayer, RealPlayer。MPlayer 太好了，直接就可以放 VCD, DVD, divx, wma, wmv ... 用 Windows 的同學都很羨慕我，說 Windows 要放這個需要大堆插件。rm 最好還是用 realplayer 放，它也是免費的。
放音樂： xmms(mp3,ogg都可以), mpg321(放mp3), ogg123(放ogg)。mpg321 不如xmms管理音樂文件那麼方便，但是有時我還是用 mpg321 放 mp3 作為背景音樂，因為懶得開一個xmms窗口:-)
游戲：我覺得 KDE 的那個 ksokoban(推箱子)，很好玩 :-)
看 Word 文檔。請 Word 用戶把文檔全部轉為 PDF 或 PS 再給我，文檔裡沒有特殊的格式干脆就用文本吧，何必那麼麻煩。以前很奇怪的是，通知裡本來沒有什麼特殊的格式居然還要發doc附件的email。現在好了，我們系發通知都用文本，PDF，甚至圖片了。
其它程序：還有很多我需要用而你不一定用得著的。比如，Doctor Scheme,
Scheme48, Scsh, kawa...這些程序只有 Doctor Scheme 有Windows版本。還有很多幕後工作但是你一般不察覺的：xinetd, telnetd, sshd, crond, atd, lpd, ... 他們都比 Windows 的對應者強的多，或者根本沒有對應者。