Linux擁戴者經常拿來抨擊專有操作系統的一個論據就是開放性和低成本，這一點已為業界廣泛接受，但嵌入式領域的情況畢竟與桌面或服務器領域大相徑庭，硬件開發一直而且仍然在唱主角，嵌入式軟件尤其是嵌入式Linux軟件開發人才積累還不足，社群開發經驗相對計算領域來說還不足，這多少使得Linux的開放性優勢在這裡還不能得到充分發揮。即便開發社群有很好的創意並添加了自己程序模塊，但由於缺乏統一的環境和平台，因此多少帶有隨意性，組件的標准化仍是個問題，不利於大規模的推廣。
而對於手持應用，雖然Linux相對於常被拿來作對比的其他幾種非實時性專有操作系統如Symbian、Palm、Windows Mobile等，開放性(參與底層設計)、靈活性(模塊化架構)更高、商業授權費低也得多，但後幾種專有操作系統都有大腕撐腰，也大都打下了廣泛的第三方和使用者基礎，想要撼動它們的地位或打敗它們絕非易事。況且這還只是在高端/智能手機市場的較量，眾所周知，高端/智能手機市場占整個手機市場的份額還很小。
Linux想要全面滲透到手持設備特別是手機中，還要面臨以下一些挑戰：
首先，手機作為一種嵌入式應用系統，實時性要求非常強，就這一點天生並非為實時應用而開發的Linux目前仍然做得不太好，盡管業界正利用一些技術改進嵌入式Linux的實時性，如MontaVista直接修改Linux內核、增加實時性；或者在普通Linux內核之上增加實時模塊、雙內核結構，如RTLinux、RTAI等。
桌面和嵌入式Linux應用程序開發平台供應商奇趣科技CTO Benoit Schillings就坦言：“相對於其它已獲得廣泛應用的嵌入式實時操作系統如OSE、Nucleus來說，雖然Linux擁有強大而豐富的開發環境，但發展還不是很成熟，組件Size仍然過大，對處理器的要求也較高。”
所以我們可以看到，目前Linux手機往往采用兩個處理器：一個運行Linux，另一個則運行基帶等實時功能。在存儲器空間和處理器資源受限的手機中特別是中低端功能手機，軟件規模大、處理器性能要求高無疑成為重大障礙，正如開放源代碼開發實驗室(OSDL)專家Bill Weinberg曾經說過的，能夠支持基帶處理器的軟件將有助於Linux進入手機主流操作系統市場。另外，從節省功耗和延長電池使用壽命來看也同樣“忌諱”處理器的高頻、高負荷運行。
其次，在推動移動應用方面，Linux陣營內部也存在一些矛盾，如針對各種組件制定統一標准的問題。目前Linux陣營正就如何更好地推進自身在移動通信領域的應用進行各種努力，如“Linux手機論壇”、OSDL的“移動Linux計劃”(MLI)等。但“不像桌面Linux系統只有KDE、GNOME兩種操作環境，移動領域情況復雜得多，太多的人想統一移動應用的Linux，但越多人參與，就越難實現統一。不少公司都參與了嵌入式Linux基礎框架的搭建，有的還是競爭對手，所以各自的定義有所不同，這對制定統一標准造成很大麻煩。”奇趣科技的Schillings感歎到。
軟件對集成越來越多功能、更新速度越來越快的手持設備顯得越來越重要，這為開放、靈活且不會帶來設計約束的嵌入式Linux帶來了很大契機，但分析目前嵌入式Linux操作系統及其應用開發平台所具有的優劣勢來看，對於廣泛普及，劣勢仍占上風，有待Linux陣營的進一步努力。