Windows常用的分區格式有三種，分別是FAT16、FAT32、NTFS格式。在Linux操作系統裡有Ext2、Ext3、Linux swap和VFAT四種格式。
FAT16：
作為一種文件名稱，FAT（File Allocation Table，文件分配表）自1981年問世以來，已經成為一個計算機術語。由於時代的原因，包括Windows、MacOS以及多種Unix版本在內的大多數操作系統均對FAT提供支持。
這是MS-DOS和最早期的Windows 95操作系統中使用的磁盤分區格式。它采用16位的文件分配表，是目前獲得操作系統支持最多的一種磁盤分區格式，幾乎所有的操作系統都支持這種分區格式，從DOS、Windows 95、Windows OSR2到現在的Windows 98、Windows Me、Windows NT、Windows 2000、Windows XP都支持FAT16，但只支持2GB的硬盤分區成為了它的一大缺點。FAT16分區格式的另外一個缺點是：磁盤利用效率低（具體的技術細節請參閱相關資料）。為了解決這個問題，微軟公司在Windows 95 OSR2中推出了一種全新的磁盤分區格式——FAT32。
FAT32：
這種格式采用32位的文件分配表，對磁盤的管理能力大大增強，突破了FAT16下每一個分區的容量只有2GB的限制。由於現在的硬盤生產成本下降，其容量越來越大，運用FAT32的分區格式後，我們可以將一個大容量硬盤定義成一個分區而不必分為幾個分區使用，大大方便了對磁盤的管理。而且，FAT32與FAT16相比，可以極大地減少磁盤的浪費，提高磁盤利用率。目前，Windows 95 OSR2以後的操作系統都支持這種分區格式。但是，這種分區格式也有它的缺點。首先是采用FAT32格式分區的磁盤，由於文件分配表的擴大，運行速度比采用FAT16格式分區的磁盤要慢。另外，由於DOS和Windows 95不支持這種分區格式，所以采用這種分區格式後，將無法再使用DOS和Windows 95系統。
NTFS：
為了彌補FAT在功能上的缺陷，微軟公司創建了一種稱作NTFS的文件系統技術。它的優點是安全性和穩定性方面非常出色，在使用中不易產生文件碎片。並且能對用戶的操作進行記錄，通過對用戶權限進行非常嚴格的限制，使每個用戶只能按照系統賦予的權限進行操作，充分保護了系統與數據的安全。Windows 2000、Windows NT、以及Windows XP都支持這種分區格式。
Ext2：
Ext2是GNU/Linux系統中標准的文件系統。這是Linux中使用最多的一種文件系統，它是專門為Linux設計的，擁有極快的速度和極小的CPU占用率。Ext2既可以用於標准的塊設備(如硬盤)，也被應用在軟盤等移動存儲設備上。
Ext3：
Ext3是Ext2的下一代，也就是保有Ext2的格式之下再加上日志功能。Ext3是一種日志式文件系統（Journal File System),最大的特點是：它會將整個磁盤的寫入動作完整的記錄在磁盤的某個區域上，以便有需要時回溯追蹤。當在某個過程中斷時，系統可以根據這些記錄直接回溯並重整被中斷的部分，重整速度相當快。該分區格式被廣泛應用在Linux系統中。
Linux swap:
它是Linux中一種專門用於交換分區的swap文件系統。Linux是使用這一整個分區作為交換空間。一般這個swap格式的交換分區是主內存的2倍。在內存不夠時，Linux會將部分數據寫到交換分區上。
VFAT：
VFAT叫長文件名系統，這是一個與Windows系統兼容的Linux文件系統，支持長文件名，可以作為Windows與Linux交換文件的分區。