如果你曾經使用“鍵盤快捷鍵”程序（在“系統”-“首選項”裡面）定義過自己的快捷鍵，你可能注意到它並沒有使用Windows鍵（這個鍵在空格鍵的旁邊，上面有一個Windows圖標）。這是因為“鍵盤快捷鍵”程序把“Windows鍵”視為另外一個鍵，所以你無法使用這個鍵進行設置。
但是解決方法並不復雜。點擊“系統”-“首選項”-“鍵盤”，當窗口出現以後切換到到“布局”標簽。點擊“布局選項”按鈕會出現一個對話框，在對話框裡面點擊“Alt/Win鍵行為”旁邊的小箭頭，勾選“Super鍵映射到Windows鍵”，關閉所有窗口。
現在就可以使用Windows鍵組合其它鍵定義自己的快捷方式了。
譬如現在可以和Windows一樣定義Win+E來打開Nautilus，打開gconf-editor，找到“/apps/metacity/keybinding_commands”，雙擊command_1項，在Value輸入框裡面輸入“nautilus computer://”。然後繼續在gconf-editor裡面，找到“/apps/metaciy/global_keybindings”,雙擊“run_command_1”項，在出現的對話框裡面輸入“<Super>e”。關閉gconf-editor，按下Win+E，一個Nautilus就會立刻彈出。
gconf-editor可以定義12個這樣的快捷方式，都可以在“/apps/metacity/keybinding_commands”和“/apps/metaciy/global_keybindings”裡面定義。
盡管如此，還是有一些Win組合鍵無法使用。原因不明，但是如果再加上Ctrl或者Alt等組合使用就可以工作了。
另外組合鍵還可以使用“上下左右”等方向鍵，譬如可以使用Windows+Cursor Left，也可以使用<Home>、<End>、 <Insert>、 <Delete> 和<Pause>，另外Page UP、Page Down和Scroll Lock必須寫成Page_UP、Page_Down和Scroll_Lock