Linux與Windows雖然都屬於操作系統的范疇，但是兩者存在很大的差異。大的不說，就連兩者的目錄結構都存在很大的不同。而這些差異就成為了從Windows系統轉型到Linux環境的主要障礙。筆者總結了兩個操作系統在目錄結構上的主要差異。就當作拋磚引玉，希望這些內容能夠引起大家的共鳴。
一、系統默認目錄的差異。
雖然兩個系統安裝成功後，都會創建一些目錄以供操作系統程序使用。但是，兩者創建的默認目錄有很大的差異。通常情況下，微軟操作系統安裝完成後，只會建立三個默認目錄，分別為C:\Documents and Settings、C:\Program Files、C:\WINDOWS。但是，Linux系統安裝完成後，會創建更多的默認目錄。Linux系統下會根據不同的用戶創建不同的目錄;在各自的目錄中放置一些特定的文件。也就是說，Linux下系統默認目錄根據用途來分，而且這個分類很細。
插圖1：Linxu系統默認目錄結構
如上面這張圖，就是筆者企業一台Linux操作系統的目錄結構。筆者就對其中幾個重要的默認目錄做一些介紹。了解這些內容後，大家就會對兩個操作系統的默認目錄差異會有一個更加直觀的印象。
默認目錄一：/home目錄。
Linux下所有的用戶都會有一個個人專屬的目錄，稱為主目錄，以供用戶擺放自己的文件。而/home目錄就是用來放置每個帳戶的主目錄。如果是系統管理員root用戶的主目錄不是放置在這裡。即當每次新建一個用戶，當這個用戶首次登陸系統的時候，操作系統都會在這個/home目錄下為這個用戶創建一個以他自己的名字命名的專屬文件夾。其他用戶除非有特別的授權，否則無法查看非本人專屬目錄中的文件。這跟微軟操作系統類似。微軟操作系統安裝完成後，也會為每個用戶在C:\Documents and Settings文件夾下創建用戶專屬的目錄。但是兩者有一個很大的差異。在微軟操作系統中，系統管理員Administrator的個人專屬目錄也是在這個文件夾下。而Linux操作系統中，默認情況下跟普通帳戶的專屬文件夾是分開的。系統會專門建立一個/root目錄作為系統管理員的專屬目錄。這就大大提高了系統管理員帳戶的安全性。
Linux 操作系統是一個多用戶操作系統，所以不同用戶之間的文件管理就顯得尤其的重要。在這個目錄下會為每個操作系統用戶建立一個專屬的文件夾。每個用戶在日常工作中，最好盡可能的將個人文件、數據存放在自己的專屬目錄下，以方便管理，提高用戶個人數據的安全，防止被意外破壞。
默認目錄二：/mnt目錄。
在這個目錄下默認有/cdrom 與 /floppy兩個子目錄，用來存放光盤與軟件的數據。如果在安裝的時候，曾加載過硬盤中使用的FAT32文件系統的Windows分區，那麼在這個目錄下可能還會有/win字目錄(通常情況下，加載其他非Linux系統分區都會掛載到這個目錄中)。從這個目錄我們可以看出兩個操作系統的差異。微軟系統中把光驅或者軟驅都當作一個獨立的盤或者分區來對待。但是在Linux系統中，則把他們當作一個目錄來對待。不光光是如此，在Linux系統下，並沒有微軟操作系統那種磁盤驅動器的概念，也就是說不會看到C：、D：等標識符。所有分區都被當作目錄使用，分別被加載與根目錄下。也就是說，Linux下只有一個單獨的樹狀結構。而在微軟操作系統中，則是每個分區下都會有一個獨立的樹狀結構。故如果第一次接觸Linux系統的管理員，看到他的目錄結構之後，還會錯誤的認為Linux系統只有一個分區呢。
默認目錄三：/tmp目錄。
這個目錄主要供全部用戶臨時放置文件的目錄，又叫做臨時目錄。另外一些應用程序運行中產生的臨時文件，也會保存在這個目錄中。如用戶從網絡上下載文件，在文件沒有下載完成前，就會把下載的東西先保存在這個文件夾中。如用戶在網絡上看電影，播放器會有一個緩沖的功能。即提前把多媒體數據下載到本地電腦，以保障播放的連續性。而這個文件也是保存在這個臨時文件夾中。等到影片播放結束後，這個臨時文件夾中的信息就會被清除。通常情況下，重新啟動後這個臨時文件夾中的內容就會被清空。
在微軟操作系統中，也有一個臨時目錄，只是他存儲的路徑與名字不同而已。兩者在臨時目錄上沒有本質的差異。
另外/etc也是系統的默認創建目錄，其主要用來擺放系統命令相關的配置文件。/boot主要用來存放系統啟動時必須讀取的文件，包括內核的一些信息。可見，Linux系統下創建的默認目錄分類分的比較細。而分類分的這麼細，相對來說管理起來也會更加靈活。如在Linux系統上可能會部署Oracle等數據庫應用程序。那麼在全縣管理上，我們可以創建一個Oracle數據庫管理員的角色，其具有系統一定的管理權限。但是其不能夠更改/boot或者/root 目錄下的文件(默認情況下這兩個目錄只能夠由root帳戶來進行維護)。這種安全性設置，就可以在一定程度上保障同一台Linux服務器上部署的多種應用之間相互的獨立性。
二、/與\兩個符號的差異。
在上面的描述中，筆者已經談到過Linux操作系統並沒有磁盤驅動器的概念，所有的分區都被當作目錄來使用。而在了Linux下目錄是利用/(正斜槓)來表示的。在Linux操作系統中無論將硬盤分為多少個區，每個分區中的文件及目錄，都可以在根目錄下，在該分區的加載目錄中找到。而根目錄的標識方法為/(正斜槓)。
但是在微軟的Windows操作系統中，要表示文件或者目錄的路徑時，其目錄名稱之間是以\(反斜槓)作為表示的。如C:\Documents and Settings目錄，它就是以反斜桿作為標示。而在Linux操作系統中則是以正斜槓。這個差異要特別的注意。筆者剛開始接觸Linux操作系統的時候，就經常搞不清楚。微軟的操作系統用習慣了，剛開始就很容易沿襲微軟操作系統的用法，利用\符合來進入Linux操作系統的目錄。結果等到系統提示出錯了才會想得到。所以這一點差異剛開始接觸Linux操作系統的用戶要特別注意。
三、大小寫的差異以及查詢上的不同。
在微軟操作系統中，c:\U01與c:\u02兩個目錄是等價的。但是，在Linux操作系統中，/u01與/U02兩個目錄可是代表不同的目錄。因為在Linux操作系統中，文件和文件名稱大小寫不同代表不同的文件和文件夾
。所以/u01與/U02兩個目錄因為字母大小寫不同，所以目錄代表的內容不同。但是在微軟操作系統中，則沒有這方面的區分。文件或者文件夾大小寫是不區分的。
為了便於管理，筆者建議在Linux下面建立文件夾時，最好都能夠采用小寫字母。大寫字母主要用來表示一些特殊的文件夾。如Desktop，它表示用戶的桌面文件。這個文件夾是系統自動建立的。系統在對其命名的時候，把第一個字母大寫了，以跟其他文件夾進行區分。所以除非是為了起到一個強調或者區分的作用，最好把文件夾的名字都設置為小寫。
另外需要注意的是，在文件查詢的時候，文件名字要注意大小寫的差異。在搜索文件的時候，Linux系統中主要調用了locate命令。這個名利是從系統中存儲文件以及目錄名的數據庫中搜索文件，查找的速度會比較快。但是它有一個缺點，就是這個數據庫中的信息跟實際的情況可能會存在一個時間差。對於剛剛新建的文件、目錄，很可能會因為這個數據庫尚未更新信息而找不到文件。在這種情況下，往往需要管理員利用updatedb命令來更新這個數據庫，然後進行重新查詢。而在微軟的操作系統中不會遇到這種情況