雖然Eee PC運行基於Xandros的Linux系統，但是有不少用戶發現無法安裝例如Firefox 3.0之類的應用程序，原因在於這個簡化版的系統缺乏GTK+工具包。隨著最新OSCON上公布的Eee PC版Ubuntu系統，用戶可以為EeePC注入新的活力。
Eee版本Ubuntu系統完全兼容Eee PC的硬件設備，包括暫停/恢復快捷鍵，以及內建的攝像頭支持。另外，Eee版Ubuntu系統無需CD安裝，完全支持SD卡安裝方式。
因為Eee PC缺少光驅，通過Unetbootin系統，可以把ISO鏡像存儲到閃存卡上。首先，需要為Ubuntu桌面電腦准備一張SD卡，通常情況下，需要使用dd命令修復SD卡的MBR
命令如下：dd if=/usr/lib/syslinux/mbr.bin of=[當前設備路徑]
經過此操作之後，SD卡已經被清除，創建一個新的FAT32格式分區，並設置為啟動分區，建議使用的工具包括gparted。在分區格式化之後，你可以通過UNetbootin創建用於EeePC的鏡像。
之後的步驟就變得相對簡單。啟動時選擇從SD卡啟動，然後在Ubuntu的LiveCD環境中刪除Xandros系統，並安裝Ubuntu系統。
在安裝了Ubuntu系統之後，電池使用時間將獲得增加，同時啟動速度也得到了優化。另外，據悉支持Atom平台的Ubuntu系統也將很快公布，Ubuntu完全攻陷Netbook平台指日可待