本文以Autodock4.0的安裝為例：
（1）下載軟件包ADT和Autodock4
ADT的下載地址：http://mgltools.scripps.edu/downloads
我下載的是：MGLTools-1.5.0-Linux-x86-Install
Autodock 4的下載地址：http://autodock.scripps.edu/downloads/autodock-registration
（2）先安裝MGLTools
直接雙擊MGLTools-1.5.0-Linux-x86-Install 文件就開始安裝，安裝中會出現安裝界面，一步一步往下做，很方便的，安裝完後會出現AutoDockTools的界面。 並且在桌面會出現快捷方式。
然後將你的安裝路徑：/home/username/MGLTools-1.5.0/share/bin 添加到 .bashrc 文件中去
export PATH=export PATH="/home/yangcao/MGLTools-1.5.0/bin："$PATH
在執行 source .bsharc 就OK了。
然後打開終端，輸入 adt 並回車，就出現了AutoDockTools的界面。
注意：你把安裝好了出現的界面關掉後，然後再次出雙擊左面快捷圖標，是否會發現不了圖形界面了，或者在終端輸入adt也沒有界面出現，並出現一大堆錯誤，不要慌，你只需在終端執行下面的語句就OK了。
chcon -t textrel_shlib_t /home/username/MGLTools-1.5.0/lib/python2.5/site-packages/PIL/_imaging.so
（3）Autodock的安裝
將下載到的文件解壓，得到i86Linux2文件夾，裡面含有autogrid4和autodock4文件
只需把它們添加到/usr/bin中去就可以了
cp /home/download/i86Linux2/autogrid4 /usr/bin/autogrid4
cp /home/download/i86Linux2/autodock4 /usr/bin/autodock4
這樣你就可以在終端運行了。當然不添加到/usr/bin中去也可以用，只是在終端用起來每次都要進入到該目錄中去