Linux文件系統是被組織在一個有層次的樹狀結構中。最高等級的文件系統是“/”，大家都稱之為root目錄。在Linux設計理念中，系統中一切東西均可作為文件，其中包括硬盤，分區和可移動設備。這也就意味著所有文件和目錄都存在於 / 之下。
在 / 下，存在一組重要的系統目錄，這些都是在linux系統中最為重要並且經常使用的。下面列出了所用常用的目錄：
/bin——重要的二進制程序
/boot——計算機啟動所需要的文件
/dev——硬盤設備文件
/etc——系統配置文件和啟動腳本等等
/home——本地用戶家目錄
/lib——系統動態連接共享庫
/lost+found——大多數情況下是空目錄，用於恢復遺失的片段
/media——掛載可移動的多媒體設備
/mnt——掛載文件系統
/opt——提供一個可選的安裝位置給予新的安裝程序
/proc——特殊的動態目錄，保留了系統狀態和程序運行的信息
/root——超級用戶的家目錄
/sbin——提供超級用戶使用的二進制程序
/srv——為系統服務所需要的數據提供一個區域
/sys——包含了系統信息
/tmp——臨時文件夾
/usr——用戶常用的文件和程序
/var——存放系統的日志信息