此時需要在BIOS中調整primary master 為主硬盤即可，以下是官方手冊中所述： http://www.freebsd.org/doc/zh_CN.GB2312/books/handbook/install-steps.html
當您在系統上安裝配置 FreeBSD 之前， 有一個重要的事情一定要注意，尤其是當您有多個硬盤的時候。
在 pc 架構，當您跑像 MS-DOS® 或 Microsoft® Windows® 這種跟 BIOS 相關的操作系統的時候，BIOS 有能力改變正常的磁盤順序， 然後這些操作系統會跟著 BIOS 做改變。這讓使用者不一定非要有所謂的 “primary master” 硬盤開機。 許多人發現最簡單而便宜備份系統的方式就是再去買一塊一模一樣的硬盤， 然後定期將數據從第一塊硬盤復制到第二個硬盤，使用 Ghost® 或XCOPY。所以，當第一個硬盤死了， 或者是被病毒破壞，或者有壞軌道， 他們可以調整 BIOS 中的開機順序而直接用第二塊硬盤開機。 就像交換硬盤的數據線，但是無需打開機箱。
比較昂貴，配有 SCSI 控制卡的系統通常可以延伸 BIOS 的功能來讓 SCSI 設備 (可達七個) 達到類似改變順序的功能。
習慣於使用這種方式的使用者可能會感到驚訝， 因為在 FreeBSD 中並非如此。FreeBSD 不會參考 BIOS， 而且也不知道所謂的 “BIOS 邏輯磁盤對應” 是怎麼回事。這會讓人感覺很疑惑， 明明就是一樣的硬盤而且資料也完全從另一塊復制過來的， 結果卻沒辦法像以前那樣用。
當使用 FreeBSD 以前，請將 BIOS 中的硬盤開機順序調回正常的順序， 並且以後不要再改變。 如果一定要交換硬盤順序， 那請用硬件的方式， 打開機箱並調整調線。