FreeBSD本身就支援多重開機，如果您想在電腦中安裝不同的作業系統，例如同時安裝Windows及FreeBSD的話，請先安裝Windows再安裝FreeBSD。在安裝FreeBSD時，可以選擇使用FreeBSD內定的多重開機程式，也可以安裝您喜歡的多重開機軟體。
FreeBSD的多重開機就只有二行字，畫面比較簡單，但是安裝容易，不需做額外的設定。如果您對於這種畫面不滿意，您可以使用其它多重開機軟體在安裝完FreeBSD後再在Windows下設定多重開機。
順道一提，如果您使用了FreeBSD或是其它的多重開機，日後要移除多重開機管理員時只要在MS-DOS下執行下列指令即可：c:\> fdisk /mbr
