在互聯網發展初期，網站相對較少，信息查找比較容易。然而伴隨互聯網爆炸性的發展，普通網絡用戶想找到所需的資料簡直如同大海撈針，這時為滿足大眾信息檢索需求的專業搜索網站便應運而生了。
現代意義上的搜索引擎的祖先，是1990年由蒙特利爾大學學生Alan Emtage發明的Archie。雖然當時World Wide Web還未出現，但網絡中文件傳輸還是相當頻繁的，而且由於大量的文件散布在各個分散的FTP主機中，查詢起來非常不便，因此Alan Archie工作原理與現在的搜索引擎已經很接近，它依靠腳本程序自動搜索網上的文件，然後對有關信息進行索引，供使用者以一定的表達式查詢。由於Archie深受用戶歡迎，受其啟發，美國內華達System Computing Services大學於1993年開發了另一個與之非常相似的搜索工具，不過此時的搜索工具除了索引文件外，已能檢索網頁。
當時，“機器人”一詞在編程者中十分流行。電腦“機器人”（Computer Robot）是指某個能以人類無法達到的速度不間斷地執行某項任務的軟件程序。由於專門用於檢索信息的“機器人”程序象蜘蛛一樣在網絡間爬來爬去，因此，搜索引擎的“機器人”程序就被稱為“蜘蛛”程序。世界上第一個用於監測互聯網發展規模的“機器人”程序是Matthew Gray開發的World wide Web Wanderer。剛開始它只用來統計互聯網上的服務器數量，後來則發展為能夠檢索網站域名。與Wanderer相對應，Martin Koster於1993年10月創建了ALIWEB，它是Archie的HTTP版本。ALIWEB不使用“機器人”程序，而是靠網站主動提交信息來建立自己的鏈接索引，類似於現在我們熟知的Yahoo。
隨著互聯網的迅速發展，使得檢索所有新出現的網頁變得越來越困難，因此，在Matthew Gray的Wanderer基礎上，一些編程者將傳統的“蜘蛛”程序工作原理作了些改進。其設想是，既然所有網頁都可能有連向其他網站的鏈接，那麼從跟蹤一個網站的鏈接開始，就有可能檢索整個互聯網。到1993年底，一些基於此原理的搜索引擎開始紛紛湧現，其中以JumpStation、The World Wide Web Worm（Goto的前身，也就是今天Overture），和Repository-Based Software Engineering (RBSE) spider最負盛名。
然而JumpStation和WWW Worm只是以搜索工具在數據庫中找到匹配信息的先後次序排列搜索結果，因此毫無信息關聯度可言。而RBSE是第一個在搜索結果排列中引入關鍵字串匹配程度概念的引擎 最早現代意義上的搜索引擎出現於1994年7月。當時Michael Mauldin將John Leavitt的蜘蛛程序接入到其索引程序中，創建了大家現在熟知的Lycos。同年4月，斯坦福（Stanford）大學的兩名博士生，David Filo和美籍華人楊致遠（Gerry Yang）共同創辦了超級目錄索引Yahoo，並成功地使搜索引擎的概念深入人心。從此搜索引擎進入了高速發展時期。目前，互聯網上有名有姓的搜索引擎已達數百家，其檢索的信息量也與從前不可同日而語。比如最近風頭正勁的Google，其數據庫中存放的網頁已達30億之巨！（bitscn編輯注：當然，現在已遠不止這個數量級）
隨著互聯網規模的急劇膨脹，一家搜索引擎光靠自己單打獨斗已無法適應目前的市場狀況，因此現在搜索引擎之間開始出現了分工協作，並有了專業的搜索引擎技術和搜索數據庫服務提供商。象國外的Inktomi，它本身並不是直接面向用戶的搜索引擎，但向包括Overture（原GoTo）、LookSmart、MSN、HotBot等在內的其他搜索引擎提供全文網頁搜索服務。國內的百度也屬於這一類（注），搜狐和新浪用的就是它的技術。因此從這個意義上說，它們是搜索引擎的搜索引擎。