Unix文件是一個非常重要的概念，Unix下不但使用文件來保存數據，而且使用文件來保存目錄信息、表示硬件設備等。我們今天就來講解這部分的知識。由於這些內容非常多，/usr目錄通常為一個單獨安裝的Unix文件系統，占用一個硬盤分區，稱為usr文件系統。
隨著系統任務的增長，/usr目錄中的內容也會迅速增多，還要考慮將其較大的子目錄分離出來，例如/usr/local目錄。
/var目錄：用於保存系統運行時產生和使用的數據文件，例如/var/log目錄用於放置系統日志，/va r/db/pkg目錄用於放置系統軟件包的安裝記錄。很多應用程序也使用它來放置數據文件，如news服務器等。這個目錄下Unix文件會隨系統的運行而不斷變化。
其中的很多文件會不斷增大，占用大量的磁盤空間。應該將這個目錄分離出來，這樣即使某個進程在這個目錄下沒有限制的產生數據文件，填充整個Unix文件系統，也不會影響其他目錄下的數據存儲，例如用戶在自己目錄下的數據存儲。由於/var目錄的大小會隨著應用程序的需要改變，對於提供網絡服務的服務器，/var占用磁盤分區應該大一些。
/home目錄：使用它用於維護用戶的個人目錄，它的大小由用戶數量及用戶的活躍程度決定，也需要有足夠的空間才能提供正常的服務。通常這個目錄保存在usr文件系統中，而在根目錄下使用連接來維護。當用戶數量增加的很多的時候，應該讓它位於一個單獨的Unix文件系統中。
這些目錄開始就設計為保存不同的數據，而各個目錄會使用不同的磁盤分區。習慣於DOS/Windows的使用者會不習慣這種使用多個文件系統的方式，而只使用一個Unix文件系統，這種做法是不對的。
多文件系統可以用於分隔不同的任務，分隔系統風險，增加可靠性，對於用作服務器的FreeBSD系統是必需的。
Unix的樹狀目錄結構十分標准，那類Unix文件應該放置到那個目錄中都有一定的習慣。當然在不同的Unix中，具體Unix文件的位置也有細微的差別，事實上在Unix發展的過程中，標准目錄樹結構的也有幾次較大的改動，但是基本結構是相同的。
由於FreeBSD有統一的版本，所有的開發者都使用同一個源代碼樹，而且使用統一的Packages Collection 機制來維護應用軟件，因此FreeBSD的目錄結構更為整齊、干淨。