首先，SSH軟件包由兩部分組成，一部分是服務器端軟件包，另一部分是客戶軟件包。針對UNIX、Linux系統，這兩個軟件包是分開打包在兩個不同的文件中的。在Windows 9x/NT/2000中，也分為兩部分，不同之處在於，服務器軟件包只能運行在Windows NT及 Windows 2000 Server以上的版本中，而客戶端SSH可以運行在所有的Windows系統中。此外，SSH還分為SSH1及SSH2兩個版本，SSH1是一個完全免費的軟件包，而SSH2在商業使用時則要付費。由其命名也可知SSH1是第一版，它的功能沒有SSH2強大，但是，由於它是免費的，所以廣泛地使用在很多網站中。SSH2中加入了很多功能，並且兼容SSH1服務器，可以對SSH1的客戶端提供很好的服務支持。所以，如果你的系統中安裝了SSH2，那就沒有必要再安裝SSH1軟件包了。
UNIX/Linux下SSH2安裝步驟
1.下載軟件包，下載地址www.ssh.com，下載最新軟件包SSH2，最好下載源程序軟件包自己進行自行編譯。
2.解壓及安裝：
# tar -zxvf ssh2-2.4.0.tar.gz
# cd ssh2-2.4.0
# ./configure
# make
#make install
安裝完成。這一過程實際上將服務器軟件包及客戶端軟件一起安裝了，不必再次安裝客戶端軟件包。
已編譯好的二進制軟件包以rpm格式存放在ftp://ftp.ssh.com/pub/ssh/rpm目錄下。它是一個給非商業用戶使用的軟件包，軟件包名稱為：ssh-2.4.0-1.i386.rpm，其中包含了對X Window的支持，另一個不支持X Window的軟件包為ssh- 2.4.0-1nox.i386.rpm，下載後可以直接安裝。安裝程序將SSH2軟件包安裝在/usr/local/bin及 /usr/local/sbin下。
Windows NT上安裝SSH
在NT及Windows 2000 Server環境下，可選擇的服務器軟件有：Vshell、ssh2-2.4.0.win-server。 Vshell是由Van Dyke提供的一個可以在Windows NT/2000環境下提供SSH2服務器的軟件包，其下載地址如下： //www.vandyke.com/download/index.html。另一個運行在Windows環境下的SSH服務器是 SSHWinServer.exe，可以直接從ftp://ftp.ssh.com/pub/ssh目錄下下載。
Windows環境下的安裝十分簡單，本文不再多介紹。
與UNIX不同，在Windows環境下，需要分別安裝服務器及客戶端軟件包。運行在Windows環境下的客戶端軟件，也可以從以上兩個站點下載得到，文件名分別為SecureCRT及SSHWin-2.4.0-pl2。
關於密鑰的准備工作
A.服務器端產生用戶的自己的加密密鑰及對外公開使用的公鑰。在UNIX環境下，產生密鑰的方法如下：
keygen
要求用戶輸入一個長的認證字串，這個字串的功能同password相當，但是，它更長，一般是在20個字符以內。再次輸入相同的字串以確認輸入的正確，之後，系統產生一對密鑰及公鑰。將公鑰復制到本地，以便客戶端對服務器發送的信息進行解密用。當然，如果你不復制，在第一次登錄時，服務器會將它的公鑰自動推給客戶機，以便客戶機能對服務器提供的信息進行解密識別。
B.客戶端產生用戶的加密密鑰及公鑰。客戶端產生自己的密鑰及公鑰的方法與服務器端相同。而Windows環境下的一些支持SSH的客戶端軟件都采用自己生成的方法，具體情況各不相同，但是可以肯定的是所有的支持SSH的客戶端都可以而且必須產生。以sshWin2.4為例說明如下：
打開選單：Edit→Settings→Globe settings→User keys→Generate New keypairs，按照提示會自動產生新的密鑰及公鑰對。
最後，將客戶機產生的公鑰復制到服務端的主機上用戶的目錄中(在UNIX下應為/home/usrname/.ssh2目錄中)。不同的版本的SSH對公鑰及密鑰的文件名有特定的要求，具體情況請閱讀軟件包中的安裝說明。
啟動SSH服務器
在UNIX/Linux環境下，服務器程序放置在/usr/local/sbin目錄下，啟動方法如下：
# sshd
# ps x
可以看到SSHD已經啟動了。如果不希望每次重啟動系統，都要手工運行啟動SSHD，則可以自己寫一個腳本，放置在init.d目錄下，讓系統啟動後，自動執行SSHD服務的啟動工作。或者直接在rc.local中加入一行/usr/local/sbin/sshd也可。 Windows NT/2000/下啟動SSH2 Server，運行程序組中的start SSH2 Server即可。
使用SSH
客戶端在UNIX/Linux系統中就是SSH，存放在/usr/local/bin目錄下。其中有SSH1、SSH2、scp等客戶端工具，使用SSH登錄遠程主機方法如下：
host.ip.of.remote
如同使用Telnet一樣，不同之處是要求用戶輸入認證字串，如果認證字串通過了認證，則用戶直接登錄成功；如果不成功，則是要求用戶輸入系統口令。口令認證成功後，用戶也可以成功登錄系統。從使用上看，與Telnet沒有什麼不同之處。而且有了SSH客戶端軟件，如果你要上傳文件，不必向以前一樣再開一個FTP窗口，再次認證，然後上傳文件。使用SSH客戶端自帶的scp工具，就可以直接將文件上傳到遠端服務器上。使用方法如下：
host1:dir/filename host2:/home/abc/filename
在Windows系統中，可供使用的SSH客戶端有：SecurCRT，也即CRT的支持SSH的版本(下載地址： //www.vandyke.com/)，這是一個很好的支持SSH的遠程終端，它同時支持SSH1及SSH2。用戶可以根據服務器端自由選擇，讓它支持相應的標准。
另一個可供選擇的是ssh.com提供的客戶端，下載地址：ftp://ftp.ssh.com/pub/ssh/SSHWin-2.4.0-pl2.exe，這是新版本的SSH2客戶端。
另外，還有支持SSH的FTP客戶端工具，其中sshwin-2.4中就有一個SSH Secure File Transfer Client，它可以用來在兩個主機之間傳輸加密後的文件。也即scp的功能。配合SecureCRT的也有一個相應的支持SSH的FTP工具，其名稱為： SecureFX，可以從www.vandyke.com/下載使用。
由於種種原因，一些支持SSH的GUI客戶端不一定會很好地支持以上各個服務器，大家可以自行組合以上工具，找到適合自己的工具。一般來說，在 UNIX下的客戶端對各種服務器的支持是最好的。通常在選擇服務器及客戶端軟件時，最好選擇同一軟件商的產品，這樣不會出現不兼容的問題。
需要補充的是，如果你既想使用SSH2又不想付費，那麼一個可供選擇的自由軟件是Openssh，它是一個遵守GPL協議的軟件包，同時支持SSH1 及SSH2標准，是另一個被廣泛使用的SSH軟件包(可以從www.openssh.com下載)。Openssh的最新版本為Openssh- 2.5.1，提供全部源碼。不過，在編譯前，應仔細閱讀其說明文件。編譯過程中要用到zlib及openssl兩個軟件包，用戶首先需要下載並安裝它們，之後再編譯openssh。具體過程請閱讀軟件包中的install文件。