統計分析軟件有：SPSS, SAS、R語言,Matlab，S-PLUS,S-Miner。
SPSS: 最簡單的,都是菜單操作，不過不利於二次程序開發。
SAS: 需要購買，該軟件錄入語言要非常精確，不能出錯，難操作。
R語言：免費軟件，可以菜單操作，不過一般要編程的，二次程序開發。
Matlab：基本是程序操作，和R語言差不多，不過功能比較強大。
S-PLUS: 需要購買，基本也是菜單操作，和SPSS差不多。
R與SPSS、SAS相比較，擁有非常突出的優勢：
1）產品線齊全。在功能與產品線齊全上已經遠遠超出SPSS，而與SAS不相上下。有些R的包，比如基因分析常用的Bioconductor在在線基因數據庫連接等眾多功能上甚至已經遠遠超出商業軟件。
2）免費。請注意，標記為TM或者®符號的軟件均需要在SPSS、SAS的基礎模塊基礎之上另行購買，費用往往在千元美元以上。而R的一切功能均是免費。
3）開放。由於R本身是一個統計語言環境，再新的統計模型也很快能實現，所以在結構方程模型、項目反應理論、認知診斷等眾多心理測量所使用的功能上，沒有現成的統計軟件包，使用R則完全可以自己編寫算法。同樣，由於R是完全開源，我們可以很快地基於研究者已經開發出的算法編寫更適合自己情況的算法。
表：R與SAS、SPSS之比較
主題
SAS產品線
SPSS產品線
R語言相關包
高級模塊
SAS/STAT®
SPSS Advanced Models™
stat, MASS及眾多擴展包
基礎模塊
SAS®
SPSS Base™
R
聯合分析
SAS/STAT®: Transreg
SPSS Conjoint™
homals, psychoR , bayesm
對應分析
SAS/STAT®: Corresp
SPSS Categories™
homals, MASS, FactoMineR
ade4, PTAk, cocorresp, vegan, made4, PsychoR
自定義表格
SAS Base® Report、SQL, Tabulate
SPSS Custom Tables™
reshape
數據接口
SAS/ACCESS®
SPSS Data Access Pack™
DBI, foreign, RODBC
數據挖掘
Enterprise Miner™
Clementine®
rattle, arules, FactoMineR
數據校驗
Various procedures
Various procedures,
SPSS Data Preparation™
dprep, various functions
Exact Tests
SAS/STAT®: various
SPSS Exact Tests™
coin, elrm, exactLoglinTest,
exactmaxsel, exactRankTests,及其他許多包
基因分析
SAS/Genetics®,
SAS/Microarray®
Solution®, JMP
Genomics®
無
Bioconductor
GIS
SAS/GIS®,
SAS/Graph®
SPSS Maps™
maps, mapdata, mapproj,
GRASS via spgrass6,
RColorBrewer及其他包的部分功能
交互圖
Enterprise Guide®
SPSS Base™
JGR, R Commander, pmg,
Sciviews
SAS/INSIGHT®
無
GGobi via rggobi
iPlots, Mondrian via Rserve
統計圖
SAS/GRAPH®
SPSS Base™
ggplot, gplots, graphics, grid, gridBase, hexbin, lattice, plotrix, scatterplot3d, vcd, lot, geneplotter, Rgraphics
分析向導
SAS/LAB®
無
無
矩陣數學
SAS/IML®, SAS/IML
SPSS Matrix™
R, matlab, Matrix, sparseM
缺省值分析
SAS/STAT®: MI
SPSS Missing Values Analysis™
aregImpute (Hmisc), EMV,
fit.mult.impute (Design), mice,
mitools, mvnmle
統籌研究
SAS/OR®
無
glpk, linprog, LowRankQP, TSP
統計效力檢驗
SAS® Power and
Sample Size
Application,
SAS/STAT: Power,
GLM Power
SamplePower™
asypow, powerpkg, pwr,
MBESS
品質控制
SAS/QC®
SPSS Base™
qcc, spc
回歸模型
SAS/BASE®
SPSS Regression
Models™
R, Hmisc, Design, lasso, VGAM, pda
抽樣及調查
SAS/STAT®:
surveymeans,等
SPSS Complex Samples™
pps, sampfling, sampling,
spsurvey, survey
結構方程模型
SAS/STAT®: Calis
Amos™
sem
文本分析
Text Miner
SPSS Text Analysis for
Surveys™, Text Miner
for Clementine®
Rstem, lsa, tm
時間序列
SAS/ETS®
SPSS Trends™ Expert
Modeler
大量的包可完成
時間序列分析預測
SAS Forecast
Studio®
SPSS Trends,
DecisionTime/WhatIf™
無
決策樹
Enterprise Miner™
SPSS Classification
Trees™, AnswerTree™
ada, adabag, BayesTree,
boost, GAMboost, gbev, gbm,
maptree, mboost, mvpart,
party, pinktoe,
quantregForest, rpart,
rpart.permutation,
randomForest,
randomForests, tree