8月14號，五甲萬京宣布成功收購北京中科紅旗軟件技術有限公司，交易價格約為3862萬元。
據鳳凰科技報道，中科紅旗的競標在7月29日舉行，1862萬元起拍，最終萬甲萬京以3862.13萬元競拍成功。五甲萬京集團表示，公司將繼續承擔紅旗Linux相關產品研發、銷售、技術服務支持和品牌推廣等工作，並會按照政府部門的規定完成原中科紅旗承擔的國家及政府項目。
目前五甲萬京已經向法院指定的賬號支付了2000萬元，用於支付中科紅旗此前對員工的欠薪。剩余款項，將直接打到中科紅旗賬上。
五甲萬京董事長孫凱歌表示，公司將基於原有的紅旗Linux產品和技術，進一步加大國產操作系統的研發力量。
編者按：
在中科紅旗成立之前，國內市場上還有著一大批Linux廠商，包括藍點Linux，TurboLinux，沖浪Linux，即時Linux，新華Linux等等。後來也許是因為過渡的炒作導致了互聯網泡沫，大部分的國內著名Linux廠商也因此倒閉，其中中科紅旗就是為數不多的存留者，並一直活躍在市場上。
雖然很多人都說 中科紅旗能夠存活下來，國家項目資金功不可沒。之一點倒毋庸置疑。在那時盜版猖獗的互聯網時代，別說Linux廠商賺不到錢，就連幾乎壟斷全球的Windows都沒有利益可言。如果沒有國家項目的支持，說句難聽的，沒有一個國產操作系統能夠存活至今。
2006年4月，為進一步強化知識產權保護，信息產業部、國家版權局、商務部聯合下發《關於計算機預裝正版操作系統軟件有關問題的通知》。此時，也是中科紅旗最輝煌的時代。不但與市場上的PC廠商建立起了OEM合作，成為了國產操作系統的市場裡面占有率達到了第一，其產品還涵蓋了Linux服務器操作系統，嵌入式系統，集群系統以及技術服務支持和培訓等領域，分別在電信，金融，教育，能源，郵政等行業都占有一定的位置。
更是在此時軟件行業追求國產化浪潮下，中國政府從停止采購Office辦公軟件的傳聞，到拒絕采購Win8。而這曾經扛起國產操作系統的中科紅旗卻進入了清算程序導致人員解散確實不合時宜，讓人匪夷所思。
有行業人士表示，中科紅旗作為操作系統等基礎軟件行業，基礎還是過於薄弱，技術與市場遠遠無法與國外巨頭相提並論。
而中科紅旗某位老員工卻否認了這種說法，他認為，中科紅旗的技術實力仍在，產品已經非常成熟，市場前景隨著國家的推動更不是問題。確實，雖然生存離不開國家的支持，但是能夠在國內市場的競爭中脫穎而出且做出自己的品牌還是要靠自己的實力。
問題出在哪裡?
關注整個事件發展的朋友都知道，導火線應該是來自於2013年12月27日，國內Linuxeden開源社區發布中科紅旗員工的請願信 《風雨飄搖，中科紅旗路在何方?》到2013年12月30日，中科紅旗員工在國家工信部門前拉橫幅討薪，核高基專項款成為焦點，報道： 《中科紅旗員工討薪的背後：中科院軟件所成為矛頭所指》。
在中科紅旗員工到工信部門前維權之後，中科院軟件所在1月6號發布了《關於中科紅旗情況的聲明》。在這份聲明中作出了詳細的回應。
1、配套資金未能到位的原因是中科紅旗單方面退出;
2、中科紅旗遭遇困境主要是因為管理團隊經營不善，與“核高基”配套資金並沒有關系。
此次事件像是到此結束，但是我們還需去思考，為何作為一個發展在巅峰的企業正要完成蛻變時卻落到如此田地?時代背景，技術基礎，經營管理?也許正所謂是成也蕭何敗也蕭何。
歷史回顧
2000年6月6日,北京中科紅旗軟件技術有限公司正式成立，經過了14年的運行，在今年的2月份卻因經營問題導致資金鏈斷裂，並與接近60名員工簽署了全員解聘合同，同時啟動了清算程序，拍賣其品牌、軟件在內的一系列資產，作為薪水發放給員工。至此，也宣告了這家穩坐10多年之久的國產操作系統老大正式解散。