一、開源軟件的單一性
多年以來在微軟針對開源的批評中，或許最沒有爭議的就是開源軟件缺少微軟自身產品所提供的那種緊密的結合。開源軟件的問題之一是，它們沒有考慮到用戶在互操作性和產品結合性方面的問題。開源項目都傾向於提供一個非常專注於某一方面的解決方案。
這種看法在過去可能大部分是對的，但是近年來在開源世界中正在發生一個重大的開發變化——綜合開源企業軟件包開始出現。其中許多的軟件甚至可以運行在Windows上，而且是免費的，這引起了微軟IT社區的興趣，迅速成為傳統解決方案的一種替代者。
微軟更早就知道提供一個更廣范圍軟件系統組合的強大威力，這主要是基於一個共同平台的標准化問題，可以隨著時間的延續創建這樣一個生態系統。網絡效應意味著一個單獨的大型生態系統要比由多個小系統拼合而成的系統功能強大的多，就如同上世紀80代年和90年代初，一些大型企業操作系統——也就是Unix——被分拆成無數的小操作系統，帶來一些不兼容的問題。
GNU/Linux（自由軟件基金會一直堅持使用這個名詞，因為Linux內核本身上安裝著許多GNU的工具）操作系統在上世紀90年代中期的崛起，逐漸創建了另一個主要的生態系統。
開源軟件最大的優點之一，同時也被證明可能是它的一個缺點。開源軟件的關鍵思想之一就是它可以讓開發人員自由地朝著他選擇的方向開發自己的應用程序，他們沒有有必要必須去考慮到某個單獨個人客戶的特定要求。許多開源項目是由一些只想解決一個自身問題的開發人員所創建的，或者是與另一群相似需求的人共同創建的。
這種無拘無束的創造性所帶來的結果是一個七拼八湊起來的軟件，有時不能與企業的真實需要完全一致。
首家也是最成功的開源公司Red Hat的創始人之一Bob Young，早在1990年就開始對這種狀況表示擔憂。
操作系統平台的成功與那些銷售操作系統的家伙沒有多大關系，而與這個操作系統周邊的生態系統有很大的關系。微軟可能是Windows市場中受益最多的公司，但是他們也只占了整個業界收入的很小一部分。之所以你可以用一個基於Windows的計算機完成幾乎所有事情，還是因為圍繞Windows有很多軟件產品廠商。
從Windows成功的背後，開源業界應該意識到的事情是必須搭建自己的生態系統。