如果Linux系統已安裝pip或conda，cutadapt的安裝相對簡便一些，示例如下：
1.pip安裝
pip install --user --upgrade cutadapt
添加環境變量
echo 'export PATH=$PATH:/your path/cutadapt-1.10/bin ' >> ~/.bashrc
2.conda安裝
conda install -c bioconda cutadapt
3.如果很不幸，以上兩個軟件都未安裝，則可以使用python進行安裝。流程如下：
3.1 下載地址：
https://pypi.python.org/pypi/cutadapt/
3.2 解壓
tar -zxvf cutadapt-1.10.tar.gz
3.3 進解壓後的目錄
cd cutadapt-1.10
3.4 安裝
python setup.py install --user
3.5 如果安裝過程中，出現報錯“error: command 'gcc' failed with exit status 1 ", 查看報錯詳細信息中顯示，缺少Python.h文件，那麼需要安裝運行python-dev。
（1）首先檢索dev開發包：
yum search python |grep -i devel
（2）安裝
yum install python-devel.x86_64
4.去除接頭
cutadapt -a 3'端接頭 -g 5'端接頭 -o output.fastq input.fastq
cutadapt去接頭原理如下：