Linux使用第二擴展文件系統 (ext2)，它以一種完全不同的方式處理文件存儲。Linux沒有Windows系統中發現的那種問題，這使得許多人認為磁盤碎片化根本不是一個問題。但是，這是不正確的。
所有的文件系統隨著時間的推移都趨向於碎片化。Linux文件系統減少了碎片化，但是並沒有消除。由於它不經常出現，所以對於一個單用戶的工作站來說，可能根本不是問題。然而在繁忙的服務器中，隨著時間的過去，文件碎片化將降低硬盤性能，硬盤性能只有從硬盤讀出或寫入數據時才能注意到。下面是優化 Linux系統硬盤性能的一些具體措施。
一、清理磁盤
這種方法看上去很簡單：清理磁盤驅動器，刪除不需要的文件，清除所有需要被保存但將不被使用的文件。如果可能的話，清除多余的目錄，並減少子目錄的數目。這些建議似乎顯而易見，但是你會驚訝地發現，每個磁盤上確實積累了非常多的垃圾。釋放磁盤空間可以幫助系統更好地工作。
二、整理磁盤碎片
Linux系統上的磁盤碎片整理程序與Windows 98或Windows NT系統中的磁盤碎片整理程序不同。Windows 98引入FAT 32文件系統，雖然運行Windows 98不必轉換為FAT 32文件系統。Windows可以被設置為使用FAT或一個叫NTFS的增強文件系統。所有這些文件系統以本質上相同的方式處理文件存儲。
Linux最好的整理磁盤碎片的方法是做一個完全的備份，重新格式化分區，然後從備份恢復文件。當文件被存儲時，它們將被寫到連續的塊中，它們不會碎片化。這是一個大工作，可能對於像/usr之類不經常改變的程序分區是不必要的，但是它可以在一個多用戶系統的/home分區產生奇跡。它所花費的時間與Windows NT服務器磁盤碎片整理花費的時間大致上相同。
如果硬盤性能仍不令人滿意，還有許多其它的步驟可以考慮，但是任何包含升級或購買新設備的硬件解決方案可能會是昂貴的。
三、從IDE升級到SCSI
如果你的硬盤是一個IDE驅動器，可以通過升級到SCSI驅動器獲得更好的整體性能。因為IDE控制器必須訪問CPU，CPU和磁盤密集型操作可能變得非常緩慢。SCSI控制器不用通過CPU處理讀寫。當IDE驅動器在讀或寫時，用戶可能會因為CPU周期被IDE驅動器占用而抱怨系統的緩慢。
獲取更快的控制器和磁盤驅動器
標准的SCSI控制器不能比標准的IDE控制器更快地讀寫數據，但是一些非常快的“UltraWide”SCSI控制器能夠使讀寫速度有一個真正的飛躍。
EIDE和UDMA控制器是非常快的IDE控制器。新的UDMA控制器能夠接近SCSI控制器的速度。UDMA控制器的頂級速度是猝發速度，但持續傳輸的速度明顯慢得多。IDE控制器包括UDMA，是嵌入在驅動器本身中的。不需要購買一個控制器，只要購買一個驅動器，它就包含了控制器，可以獲得 UDMA性能。
磁盤驅動器經常忽視的一個方面是磁盤本身的速度。磁盤的速度以rpm為單位給出，它代表每分鐘旋轉多少次。rpm越大，磁盤速度也越快。如果你有這方面的預算，大多數服務器系統廠商可提供7500rpm甚至10000rpm SCSI磁盤。標准SCSI和IDE磁盤提供5400rpm速度。
