雖然Linux在國際大廠等宣布支持下氣勢如虹，但政府推動Linux的行動，卻被軟體業者批評為態度不明、推動不力。 我國一直有軟體業者從事Linux平台的開發，而自從五月掀起的查緝盜版和反反盜版的風波，扶植Linux的呼聲更為高漲。然而卻有業者批評，到現在政府對Linux事實上是不說不、也不說是的曖昧態度。 翔威國際總經理劉龍龍指出，政府對Linux從來不明示意見，是妨礙Linux發展的最主要原因之一。他指出，政府對國內業者建言鮮少採納，例如提了兩年的Linux驗証中心，到現在沒有下文。但是從一些跡象，如資策會嵌入式系統實驗室現在開始積極開發Linux-based的應用看來，似乎又像是想擁抱Linux。 他指出，台灣作為PC製造中心，受到微軟授權掌控之大遠較全球為甚的狀況可以理解，但政府如果聲明不支援Linux，倒也可讓業者趁早決定未來方向，反而其搖瞻ㄘw的作法令人摸不清楚，倒底是不願支持，還是沒有主意。 他批評，Linux認証中心的計畫，正是台灣跨入國際舞台的好機會。這個計畫主要是利用台灣作為PC、筆記型電腦、IA產品等生產重鎮的優勢，針對主要Linux 平台在各種硬體平台的認証，之後，即可讓Linux為基礎的軟體出貨前都來台灣作硬體相容認証，但至今沒有明確回應，即使要做，也已遲了兩年。 相反地，在國內媒體報導之下，現在中國大陸在北京軟件協會的組織下，已經著手開始做了，雖然現在還在摸索階段──而這樣拖下去，台灣軟體躍入國際舞台的機會正快速流失。 負責推動建構Linux中文化環境的高速電腦中心研究員柯森即指出，國高中心原先預計的國家型計畫，則因為經費爭取需要較久時間，現在主要工作則限於小規模的軟體調校（tuning）。而他指出，政府對Linux雖已開始注意，然而限於經費有限以及缺乏統合機構，因此現在還是分屬工業局、教育部等單位。 這也和IBM看法略同。今日（18）IBM總經理趁行政院長訪問位於南港軟體園區的生物科技研發中心以及大中華普及運算中心時，即提出針對開放標準軟體等主題，應成立專責機構進行發展培訓人才等工作，並以Linux建構eTaiwan的IT架構。 政府方面，經濟部工業局科技羅達生指出，NICI將在本週三針對「自由軟體指導委員會」召開會議，初步將決定組織架構。對於民間批評政府推動Linux不力，他指出，台灣政治型態不同於中國大陸，政府推動應在不干擾市場機制下進行；相較於其他國家，我國推動自由軟體，速度其實不算慢。
