作為行業領導者的中科紅旗，增長率達到40%左右，幾乎是整個市場增長率的2倍。2006年是中科紅旗取得“突破性進展”的一年。一方面，中科紅旗在依靠產品技術實力和遍布全國的渠道，穩穩的把握住了國內在金融、銀行、郵政等幾大方面的客戶應用，鞏固了在產品、銷售和服務方面的優勢，使中科紅旗在行業內成為名副其實的旗艦式企業。
另一方面，中科紅旗經過不斷的積累和進取，通過一系列成功的合縱連橫戰略，在亞洲乃至全球范圍內，加強了與國際IT廠商聯盟合作關系，邁入了國際IT產業環境的第一階梯，得到了業界的最強的支持和認可。2006年，紅旗一躍成為全球第三大Linux廠商。
2006年8月，在Linux World China 2006大會上，IT巨擎IBM宣布：IBM旗下軟硬件主流產品線對紅旗主導的Asianux Linux正式提供全面認證支持。中科紅旗也因此成為全球第三個獲得了IBM全面認證支持的Linux廠商。至此，中科紅旗已經獲得了包括ORACLE、 BEA、IBM、HP、SYMENTEC、NEC等所有一線國際IT廠商的認證。作為生產高端服務器操作系統的軟件公司，中科紅旗是亞洲第一家也是唯一一家得到全球產業環境支持的Linux企業。
作為服務器操作系統軟件廠商，必須獲得整個產業環境的認證和技術支持，才能為客戶提供全面而無憂的解決方案。中科紅旗能獲得這些國際IT廠商的認證，絕不僅僅只是意味著成為一家提供高質量產品的Linux軟件公司，還體現出了中科紅旗已然成功走向國際軟件市場的雄厚實力。
2006年9月，中科紅旗與甲骨文攜手宣布——雙方將共建數據庫遷移中心，幫助不滿足於微軟平台和數據庫的用戶，在企業成長過程中改善數據中心的性能和擴展性。繼而，紅旗軟件開始在紅旗數據中心服務器系統上捆綁銷售Oracle的數據庫產品，並提供雙方聯合的技術支持。同期，NEC和中科紅旗共同宣布：NEC容錯服務器產品將直接與紅旗Linux捆綁銷售，為客戶提供頂級的高可用系統解決方案。
同樣是9月，全球最大的兩家PC廠商DELL和HP幾乎同時宣布，在中國市場銷售的全線產品中，包括筆記本和台式機，都開始預裝紅旗Linux桌面版產品，且初步總體裝機量即達到400萬台。
2006年10月，中科紅旗與勞動和社會保障部進行合作，紅旗Linux被納入全國計算機信息高新技術考試和培訓中，並在全國普及推廣。同期，中科紅旗還成為教育部規劃的在首批40所高校中“國家Linux技術培訓與推廣中心”的項目的唯一支持廠商。中科紅旗在LINUX培訓領域獲得的成績，使之創造了較好的生態環境，為中國Linux軟件今後的成長，造就了希望的沃土。
2006年，中科紅旗在金融領域獲得了廣泛認可並取得巨大的成功，相繼在中國人民銀行、中國建設銀行、農信聯等重要金融企業的軟件應用項目中中標。紅旗Linux產品在金融行業中表現出的穩定和安全，是用戶長期以來所追求的。
電信企業對業務系統的要求一直是最嚴格的，包括穩定性、安全性和性能的擴展。紅旗Linux數據中心服務器是全球對電信級Linux標准(CGL2.0)支持最好的產品，因而得到和用戶的廣泛認可。2006年中國網通的全國域名服務器系統改造項目，就是基於紅旗Linux服務器搭建，在此項目中，中科紅旗依靠核心技術優勢，幫助用戶優化其服務器的性能達133%。
2006年，中科紅旗在與包括北京華僑飯店、海南香港城酒店、上海新粵洲酒店等星級大酒店的“數字客房”工程中，成功簽約酒店數字客房數量超過2萬間，中科紅旗的酒店PC數字客房系統，得以成功實施應用。中科紅旗成為全球第一家提供酒店PC定制操作系統軟件的公司。酒店PC中的數字客房項目，不僅將為中國酒店的數字化奠定一個堅實的基礎，還將在以“科技奧運”為口號和實施的北京2008奧運會中，為來自世界各國的體育健兒和觀光旅客們進行服務。
國內Linux軟件市場中的大型采購減少，各省市相應的分別采購增多。中科紅旗經過多年的開拓和積累，在全國各區域的渠道中占據了穩固的優勢，2006年采購方式的變化，也使得中科紅旗的綜合實力得以彰顯。
回首縱覽2006，雖然國外Linux廠商愈發重視開發中國這片廣闊的市場，但以中科紅旗為代表的中國Linux企業，在這激烈的競爭環境中，不僅能在國內市場穩據龍頭，還能在亞洲范圍乃至世界范圍內贏得眾多國際IT廠商的支持與合作，可謂是中國軟件行業的表率。