騰訊科技訊 6月5日，外電報道聯想將只和微軟合作，包括ThinkPad筆記本在內的所有電腦均不預裝LINUX操作系統。倪光南對此表示：聯想從企業利益出發，這樣做是可以預料的，因為它預裝Windows得到了優惠的價格，為此，也就受到了制約。
他認為，這不過是幾年前聯想曾經為了以優惠的價格預裝Windows而放棄Happy Linux那段歷史的重演而已。
LINUX和Windows相比，價格優惠，桌面Linux浏覽、文字處理、電子郵件、多媒體播放、即時消息等等應用均可實現，此時用戶的需求都可以得到滿足。因此“許多比聯想小的PC廠商，它們得不到像聯想得到的那樣優惠的價格，為了競爭的需要，將會選擇預裝Linux”倪光南告訴騰訊科技記者。
有不少業內人士和網友認為，聯想剛剛經歷了海外采購風波，業界以及政府呼吁美國建立公平的競爭環境的呼聲還沒有落下的時候，聯想又將中心傾向了微軟一方，其中肯定有政府操作的因素，倪光南認為此舉只是一個“企業的決策”。聯系到當前的企業發展形式，倪光南提到國家支持自主創新，推進正版軟件，都將使中國軟件業，包括開源軟件在內得到很大的發展。他認為：中國本國軟件產業更快的發展，最終將會使本國軟件和服務更多地替代外國軟件和服務，這正是建設創新型國家戰略決策的一個重要目標。