盡管從1991年誕生至今已有17年歷史，但Linux離完美還有很長一段距離，開源操作系統仍然有許多問題需要立即改進。當然何處需要改進是有爭議的：因為對某些人重要並不意味著對其他人也至關緊要。但在Linux所缺乏或者說有缺陷的一些重要領域是毫無爭議的。
它們包括：包管理系統：Red Hat用RPM系統，Debian使用DEB格式，這套軟件發行系統確實方便用戶，但卻阻礙了商業軟件開發商的進駐。目前Linux Standards Base正試圖改進該問題。作者列出的其它需修正問題包括配置文件；Kernel應用二進制代碼接口（ABI）；原生文件版本（Native File Versioning），音頻API，X11與應用程序的接口等
