根文件系統一般應該比較小，因為包括嚴格的文件和一個小的不經常改變的文件系統不容易損壞。損壞的根文件系統一般意味著除非用特定的方法(例如從軟盤)系統無法引導，所以不應該冒這個險。
根目錄一般不含任何文件，除了可能的標准的系統引導映象，通常叫/vmlinuz 。所有其他文件在根文件系統的子目錄中。
/bin
引導啟動所需的命令或普通用戶可能用的命令(可能在引導啟動後)。
/sbin
類似/bin ，但不給普通用戶使用，雖然如果必要且允許時可以使用。
/etc
特定機器的配置文件。
/root
root用戶的家目錄。
/lib
根文件系統上的程序所需的共享庫。
/lib/modules
核心可加載模塊，特別是那些恢復損壞系統時引導所需的(例如網絡和文件系統驅動)。
/dev
設備文件。
/tmp
臨時文件。引導啟動後運行的程序應該使用/var/tmp ，而不是/tmp ，因為前者可能在一個擁有更多空間的磁盤上。
/boot
引導加載器(bootstrap loader)使用的文件，如LILO。核心映象也經常在這裡，而不是在根目錄。如果有許多核心映象，這個目錄可能變得很大，這時可能使用單獨的文件系統更好。另一個理由是要確保核心映象必須在IDE硬盤的前1024柱面內。
/mnt
系統管理員臨時mount的安裝點。程序並不自動支持安裝到/mnt 。 /mnt 可以分為子目錄(例如/mnt/dosa 可能是使用MSDOS文件系統的軟驅，而/mnt/exta 可能是使用ext2文件系統的軟驅)。
/proc , /usr , /var , /home
其他文件系統的安裝點。
/etc 目錄包含很多文件。下面說明其中的一些。其他的你應該知道它們屬於哪個程序，並閱讀該程序的man頁。許多網絡配置文件也在/etc 中，它們在《網絡管理指南》中說明。
/etc/rc or /etc/rc.d or /etc/rc?.d
啟動、或改變運行級時運行的scripts或scripts的目錄，更詳細的信息見關於init 的章。
/etc/passwd
用戶數據庫，其中的域給出了用戶名、真實姓名、家目錄、加密的口令和用戶的其他信息。格式見passwd 的man頁。
/etc/fdprm
軟盤參數表。說明不同的軟盤格式。用setfdprm 設置。更多的信息見setfdprm 的man頁。
/etc/fstab
啟動時mount -a命令(在/etc/rc 或等效的啟動文件中)自動mount的文件系統列表。 Linux下，也包括用swapon -a啟用的swap區的信息。見4.8.5節和mount 的man頁。
/etc/group
類似/etc/passwd ，但說明的不是用戶而是組。見group 的man頁。
/etc/inittab
init 的配置文件。
/etc/issue
getty在登錄提示符前的輸出信息。通常包括系統的一段短說明或歡迎信息。內容由系統管理員確定