由於Unix商標屬於X/Open組織，而Unix FreeBSD只是一個自由操作系統，從法律角度上看Free BSD不能被叫Unix（不能使用Unix做商標）。但是基於Unix本身的歷史，Unix FreeBSD可以算最原汁原味的Unix，在有的方面，它更具傳統特色──或者說BSD Unix的學院特色。
當前，Unix商標其實是只具有象征性的含義，沒有人介意到底那些系統是X/Open的成員，可以被稱作Unix，那些不是。Unix已經成為一個廣泛的概念，只要是按照Unix為模板進行開發，所有的應用程序在C源程序級與其他Unix相互兼容，也同樣被所有使用者承認為 Unix系統。
因此這裡的Unix包括BSD和System V在內的各種系統，也包括像Linux這樣的兼容系統。
由於FreeBSD十分關心系統的性能和穩定性，同時Unix FreeBSD的開發又非常活躍並十分開放。因此在系統開發中支持幾個版本的Unix FreeBSD系統並行發展，一些版本用於提供一個最具穩定性的操作系統，另一些版本逐漸融合進各種新特性，使FreeBSD不斷發展。當前主要使用的FreeBSD有三個分支版本：
FreeBSD2.2.x-stable：這個分支是當前Internet上大部分網絡服務器上使用的FreeBSD版本，經過無數實踐驗證，具有高穩定性的特點。但是由於3.0版本已經正式發布，Unix FreeBSD的開發者已經於1999年1月決定停止對這個版本的開發，這個FreeBSD的分支版本進入維護狀態，將僅僅進行修補一些可能存在的系統漏洞等工作。
因此除非是現存的Unix FreeBSD系統，或者為了特殊目的要使用一些基於2.2.x開發的特殊軟件，新安裝的Unix FreeBSD系統應該使用FreeBSD-3.x版本。這個系列中最後一個正式發布的光盤版本為F reeBSD 2.2.8-release。
FreeBSD3.x-stable：這個版本的第一個正式版本3.0-release，它於1998年10月正式發布，隨後就成為了穩定版本。它與2.2相比增加了對很多新硬件的支持，並進一步提高了性能。對於安裝新的Unix FreeBSD系統來講，應該選用這個版本。當前已經發布了FreeBSD 3.2-release。
FreeBSD4.0-current：於1999年1月產生，同時FreeBSD 3.x-cur rent分支轉變為FreeBSD 3.x-stable分支。當前還沒有任何正式發布版本，需要通過Internet獲得源代碼進行安裝。
可以看到，Unix FreeBSD的版本使用current或stable後綴進行修飾，其中使用stable修飾的版本是一個穩定的版本，它不是Unix FreeBSD的最新版本，主要關心系統的性能和使用的連續性，同一個stable分支中的下一個版本主要是修訂系統問題，因此stable分支得到很多商業用戶的歡迎。
current表示這個版本是正在開發的版本，還不成熟，它更關心新特性，每種可能的特性都被開發者嘗試加入進Unix FreeBSD中，但並不保證以後的正式發布版本會支持所有的特性，一些特性會因為不成熟或對大部分用戶無益，即使曾經加入也可能從正式版本中去除。