UNIX操作系統采用樹型帶勾連的目錄結構，如下圖所示。
在這種結構中，一個文件的名字是由根目錄到該文件的路徑上的所有節點名按順序構成的，相互之間用“/”分開。如文件prog的全路徑名為：/usr/smith/prog。路徑名的表示法可以是絕對的，如'/usr/home/guest/.profile'。也可以是相對的，如'../httpd/bin/apachectl'。所謂絕對路徑是從根目錄到需求目錄所經過的目錄的精確描述，而相對目錄是指相對於用戶當前所在工作目錄的經過路徑指示符和其他文件目錄計算所得的目錄，當用戶登錄到UNIX時，用戶就處在預先設置在用戶主目錄之內。
根文件系統常用目錄 根文件系統的常用目錄舉例如下表：
/bin
大部分可執行的UNIX命令和共用程序
/dev
設備文件，如/dev/cd0
/etc
系統管理命令和數據文件
/lib
C程序庫
/usr
存放用戶的家目錄和用戶共用程序或文件
/tmp
臨時工作目錄，存放一些臨時文件
家目錄 UNIX在創建用戶名時，自動在/usr目錄下創建與用戶名同名的子目錄，如/usr/smith子目錄，這個子目錄成為此用戶的家目錄（Home Directory）。家目錄中有一個文件比較特殊：“.profile”(或“.login”)文件。當以該家目錄的用戶名登錄UNIX時，會自動執行“.profile”文件。它有點類似於DOS的AUTOEXEC.BAT文件。“.profile”是B/K shell的啟動文件，而“.cshrc”是C shell的啟動文件。“.profile”文件中常有一行：
PATH=$HOME:$HOME/bin
其中，PATH類似DOS的PATH,而$HOME表示家目錄。中華考試網
了解和掌握下列目錄指示符是十分重要的：
'.' 表示用戶所在的當前目錄；
'..' 表示用戶所在的當前目錄的上一層目錄；
'/' 單獨使用或放在路徑名的開始表示UNIX的根目錄；在目錄名中間作為不同層次目錄之間的分隔(注意這個符號與DOS系統中的不一樣，DOS系統中的類似符號為'\')。