精明的用戶越來越計較IT成本問題，Linux的低價的確打動了很多用戶，Linux的發展勢頭也非常猛。但事情並不是那麼簡單。作為操作系統，Linux軟件自身的成熟與完善程度，還不足以滿足用戶的需求。如何將Linux更有效地應用起來，是它現在面臨的一大難題。
崔波(化名)是一家企業的老總，為了給員工提供郵件服務，他向系統集成商購買了一個整體的郵件解決方案，這個郵件服務器是架設在Linux系統上的。不懂技術的崔波並不關心用什麼系統，作為老總，他只關心公司的郵件系統如何能低成本、高效率地運行。但他並沒有如願。在實際的運用過程中，因為員工對Linux 不熟悉，不能更好地維護郵件服務器，造成了諸多不便。無奈下只好把郵件服務器外包給系統集成商。結果崔波發現，自己公司的郵件服務器成本比其他公司都要高。
計世資訊在最新的報告中明確指出：Linux存在成本障礙，目前Linux的TCO(整體擁有成本)要高於Windows 系統。“Linux是開放源代碼軟件，但並非免費軟件。雖然企業用戶在購買Linux時支付的初始成本較少，但是因為操作系統成本僅占TCO的3.8%，用戶未必能通過應用Linux，來降低企業的整體擁有成本。” 計世資訊資深分析師王書貴告訴記者。
另一個例子更能說明Linux為什麼會帶來成本的增加。某企業其內部服務器操作系統Linux 是在3年前應用的，技術總監打算把服務器升級到新的Linux內核上。但在執行的過程中，技術總監不僅要請來Linux廠商，還要請來其他相關軟件廠商以及硬件廠來共同協調解決，結果時間、精力、金錢都遠遠超支了。
“主要有三大原因導致Linux成本過高：人員成本、學習成本和後續開發。” 王書貴分析：第一是Linux工程師普遍工資水平較高，而用戶在Linux方面技能和經驗還需提高，因此每年需要更多的外包服務費用。第二是目前中國用戶在Linux系統方面技能和經驗還非常有限，學習成本也大大增加。第三就是操作系統相關的內部開發成本很高，尤其在應用／數據庫服務器方面。
“當然，也有企業使用Linux操作系統做到了節省成本。”王書貴談到他的調查經歷時說，有一家互聯網企業，其IT系統架構基本全是Web服務器，而且這家企業自身Linux技術實力非常強，甚至比一些Linux廠商都要強大，他們的Linux基本上都是自己開發，做到了節省成本，因此給業界留下了非常酷的印象。但他同時強調，目前在中國擁有如此高技術的企業畢竟是極少數。
即使在成本上Linux需要更多的投入，也阻擋不了其市場份額增長的步伐。計世資訊數據表明，2005年中國Linux市場將以35.2%的速度高速增長，圍繞著Linux的應用，是中國軟件業的重要發展機遇。因此降低Linux使用成本的問題，是必須跨越的障礙。
王書貴對用戶和Linux廠商給出了一些中肯建議：Linux廠商必須腳踏實地的從用戶需求和應用出發，而不是僅僅停留在炒作概念上，而用戶也不應該盲目跟風。用戶應該加強硬件規劃和采購管理，改變重硬件購買輕運營維護的現象。統一基礎架構，在考慮成本因素的同時，考慮企業IT系統沿革和員工技能。
還有一點很重要，除了追求技術創新和產品的自身完善，Linux現在應該將更多的精力轉移到合作伙伴上來，通過廣泛的合作與產品技術整合，為自己制造快速發展的條件。